Program Studi Pendidikan dibuka pada tahun kuliah 1981/1982 berdasarkan Keputusan DIRJEN BINBAGA ISLAM DEPAG RI Nomor Kep/E/668/1981. Program Studi Pendidikan dibuka dengan latar belakang pemenuhan kebutuhan akan tenaga guru Pengetahuan Umum bagi madrasah-madrasah di bawah pengelolaan/binaan Depertemen Agama baik Negeri maupun Swasta.
Program Studi Pendidikan ini memiliki tiga Sub Program yaitu IPS, IPA dan Matematika. Pada tahun 1984/1985 dibuka juga lokal jauh di Bengkulu Program IPS Berdasarkan Surat Keputusan Rektor UIN Raden Fatah Nomor: XV tahun 84. Mengingat perkembangan akan kebutuhan lulusan Program Studi Pendidikan ini sudah mulai jenuh, maka pada tahun 1989 Program Studi ini tidak lagi menerima calon mahasiswa. Setelah vakum selama kurang lebih 10 tahun, atas desakan masyarakat pada tahun 2008 Program Studi Pendidikan ini dibuka kembali berdasarkan persetujuan dan Keputusan DIRJEN PENDIS DEPAG RI No.: DJ.I/202/2008, tertanggal 20 Juni 2008 Program Pendidikan Pendidikan PENDIDIKAN MIPA dibuka.
Namun, program Pendidikan Pendidikan MIPA ini tidak disetujui Dirjen Pendis dalam rangka akreditasi, karenanya harus dipecah menjadi dua Program Studi yakni Prodi Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika. Program ini dibuka berdasarkan pertimbangan dan tingginya animo masyarakat yang ingin mengikuti program ini, maka atas persetujuan dan Keputusan DIRJEN PENDIS DEPAG RI Nomor : 456 Tahun 2012, tertanggal 18 April 2012, maka Program Pendidikan Pendidikan MIPA menjadi dua prodi yakni Prodi Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Raden Fatah Palembang. Berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 184/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/IX/2013, menyatakan bahwa Program studi Sarjana Pendidikan Matematika, UIN Raden Fatah Palembang terakreditasi C, sejak tanggal 06 September 2013, dan sekarang terakreditasi B dari tanggal 20 Desember 2018.